Reflora

INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos – REFLORA e o Serviço Exsiccatae: imagens online de espécimes

mapa mundi herbarios 2014

O projeto INCT-Herbário Virtual/Reflora

Em dezembro de 2010 o INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos (INCT-HVFF) apresentou, a convite do CNPq, proposta para fazer parte do programa Reflora (veja a nota publicada no site do INCT em 21 de dezembro de 2010 – http://inct.florabrasil.net/noticias/cnpq-viabiliza-o-repatriamento-de-dados-historicos-da-flora-brasileira).


O projeto tem como principal objetivo aumentar a base informacional sobre plantas e fungos do Brasil disponível na Internet de forma livre e aberta e apresenta como objetivos específicos:

  • – Estabelecer um mecanismo de repatriamento dinâmico de dados textuais atualizados sobre as amostras coletadas no Brasil depositadas em herbários no exterior e disponibilizá-los na Internet, de forma livre e aberta;
  • – Estabelecer um servidor de imagens e serviços web associados, para armazenar e gerenciar as imagens em alta resolução das amostras do material tipo depositado em herbários brasileiros e disponibilizá-las via internet a todos os interessados assim como via serviços web para que possam ser utilizados por outros sistemas de informação externos;
  • – Desenvolver um modelo de sala aberta à visitação pública.


Voltando aos objetivos específicos do Reflora/INCT, o primeiro componente do projeto é o repatriamento dinâmico de dados de coleções. O Comitê Gestor do INCT-HVFF elaborou uma lista de herbários do exterior com acervos importantes de material do Brasil. Como o projeto não tem recursos para eventuais despesas no exterior, a princípio estão sendo contactados herbários já integrados à rede GBIF (Global Biodiversity Information Facility) que, portanto, utilizam padrões e protocolos compatíveis aos da rede speciesLink, a base informacional do Herbário Virtual da Flora e dos Fungos. Todo o desenvolvimento técnico necessário para integrar os dados desses acervos à rede brasileira está a cargo do CRIA, uma organização da sociedade civil de interesse público (Oscip) associada do INCT-HVFF. O trabalho envolve estudar cada sistema e estabelecer a rotina de transferência periódica dos dados filtrados para coletas do Brasil. Relatórios de datacleaning e perfil do acervo serão disponibilizados às instituições participantes como contrapartida. Estão hoje associados ao projeto os herbários das seguintes instituições:

– New York Botanical Garden

– Field Museum of Natural History

– Department of Botany, Smithsonian National Museum of Natural History

– Missouri Botanical Garden

– Acervo de Saint-Hilaire do Muséum National d’Histoire Naturelle de Paris

– Geneva Herbaria Catalogue with species from Brazil

Juntos, esses herbários disponibilizam mais de 600 mil registros de amostras de plantas coletadas no Brasil, sendo que cerca de 120 mil imagens dos vouchers estão integradas à base textual. Uma análise dos dados mostra registros com ano de coleta a partir de 1761 de coletores importantes como Irwin, Prance, Saint-Hilaire, Riedel, Glaziou, Krukoff, Spruce, Pohl, Ducke entre muitos outros.


O segundo componente do projeto é referente ao desenvolvimento de um servidor de imagens e serviços web associados, com o objetivo de disponibilizar imagens online das amostras integradas com seus dados textuais. Muitos herbários do Brasil participam do programa LAPI (Latin American Plants Initiative), uma importante iniciativa da Fundação Mellon que está financiando a produção das imagens dos espécimes tipo em alta resolução, mas a maioria desses herbários não dispõe de recursos humanos, financeiros e computacionais para a disseminação das imagens online. O projeto Reflora/INCT está resolvendo esse problema com o desenvolvimento e a estruturação do serviço no CRIA, em associação com o INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos. A associação dessas imagens com os respectivos registros textuais on-line representa um enorme valor agregado a cada herbário e ao herbário virtual do INCT-HVFF. Os serviços estão disponíveis a todos os herbários da rede e não está restrito apenas ao material tipo. O INCT-HVFF procura incentivar a digitalização e disponibilização online da imagem até de material não identificado, promovendo a e-taxonomia (ou cybertaxonomy). A interface desenvolvida para a visualização da imagem permite ao usuário a visualização de detalhes, a medição de partes da amostra e a comparação de imagens de amostras diferentes.


Além da associação das imagens aos registros do INCT-HVFF, foi desenvolvido um serviço web (Exsiccatae) para uso remoto das imagens permitindo, portanto, que as instituições participantes utilizem suas imagens em respectivos web-sites, da forma mais simples possível, como se estivessem disponíveis localmente. Cuidados especiais estão sendo tomados para garantir os créditos do herbário sempre que uma imagem for utilizada. Talvez o exemplo mais importante da utilização do serviço de imagens do INCT-HVFF seja a Lista de Espécies da Flora do Brasil que associa a imagem dos vouchers de referência às informações taxonômicas das espécies.


O INCT-HVFF hoje disponibiliza mais de 255 mil imagens de amostras de vinte herbários, 18 do Brasil e dois do exterior. A obra Flora Brasiliensis, com tratamento taxonômico de 22.767 espécies (10.219 páginas, 3.849 pranchas) digitalizada em 2005 pelo Jardim Botânico de Missouri e disponibilizada online pelo CRIA em parceria com o Departamento de Botânica da Unicamp, graças ao projeto também foi trabalhada e está disponível como serviço web, fazendo parte do INCT-HVFF.


Nessa linha de recuperação e disponibilização de acervos históricos, o projeto também está digitalizando e disponibilizando as publicações de Augusto Chaves Batista, renomado micologista, fundador do Instituto de Micologia (hoje Departamento de Micologia da UFPE) e do Herbário URM. O Prof.Chaves Batista deixou mais de 700 publicações que começaram a ser disponibilizadas on-line (batista.fungibrasil.net‎), o que constitui uma contribuição extremamente importante para os estudiosos da taxonomia de fungos no mundo inteiro.


O terceiro componente do projeto foi a estruturação de uma sala de visitação pública, tratando sobre o INCT e o funcionamento de herbários, tradicionais e virtuais. A sala foi inaugurada em abril/2013, no Centro de Ciências Biológicas da Universidade Federal de Pernambuco e vem sendo regularmente visitada por alunos do 1º ao 3º grau, pesquisadores, e membros da comunidade em geral.


Todo o trabalho desenvolvido depende fortemente da articulação nacional e internacional, realizada pelo comitê gestor e coordenadores de áreas do INCT-HVFF. Graças a esta articulação, o Herbário Virtual do INCT, que iniciou os trabalhos em dezembro de 2008 com uma base informacional de cerca de 1,9 milhão de registros on-line na rede speciesLink hoje disponibiliza mais de 4,4 milhões de registros de forma livre e aberta a qualquer pessoa interessada. Mais de 244 mil registros possuem imagens dos vouchers (alguns registros possuem mais de uma imagem) e mais de seis mil possuem também imagens da planta viva. Mais de quatro mil registros de material não identificado possuem imagens associadas.


Uma nova interface de busca e recuperação de dados foi desenvolvida no escopo do projeto para que o usuário possa não só visualizar as imagens, mas produzir também tabelas e mapas dinamicamente online com os dados do resultado de suas buscas. Essa interface foi lançada em novembro de 2012 sendo também desenvolvida uma interface para avaliar o acesso às ferramentas para produzir estatísticas de uso da rede speciesLink, base informacional do Herbário Virtual do INCT. O número de buscas realizadas por usuários externos saltou de 14 mil por mês, em janeiro de 2013, para cerca de 24 mil, em agosto de 2013. De janeiro a agosto foram realizadas em média cerca de 19 mil buscas por mês. O número médio mensal de registros recuperados através do sistema de busca para o período é de cerca de 125 milhões, sendo que o número médio de registros visualizados pelo usuário (download, fichas, listas, mapas, gráficos) foi de 20 milhões. São números bastante expressivos para um sistema científico.


Para agregar valor aos dados enviados pelos herbários para compor o Herbário Virtual, a ficha de cada registro também apresenta, de maneira integrada, informações de outros sistemas como a Lista de Espécies da Flora do Brasil (ed. 2012), Flora brasiliensis on-line, Lacunas de Conhecimento da Flora e dos Fungos do Brasil, Biogeografia da Flora do Brasil e de dois sistemas do exterior: Encyclopedia of Life e Biodiversity Heritage Library.


O projeto, previsto para três anos (2011-2013), foi estendido até janeiro/2015 em função da necessidade de ampliação, considerando o número de herbários no exterior que guardam material brasileiro e as possibilidades que se abrem com o repatriamento de dados e imagens, auxiliando a melhorar o conhecimento sobre a diversidade de plantas e fungos do país.